Ⅰ.研究会活動
- 年次大会、毎年６月中旬に２日にわたり、シンポジウム、セッション、個別報告、総会、懇親会を開催
- 関東支部研究会 年４回、テーマを決めて小シンポジウム
Ⅱ.学会誌等の発行
- 学会誌『フードシステム研究』（年３回発行）
和文、英文による学術雑誌、うち１回は大会シンポジュウム記録。
- 『FSニューズレター』（年３～４回発行）
学際的研究団体に相応しい専門領域を超えた情報交換誌。
- 『フードシステム研究シリーズ』（随時）
セッション、関東支部研究会等の報告・討論を収録した小冊子
Ⅲ.学会賞の選考と授与
選考委員会を設置して毎年、以下の学会賞を選考の上表彰する。
日本フードシステム学会学術賞・研究奨励賞・フロンティア賞・功績賞
Ⅳ.産官学共同の活動
２００１年度は、２１世紀食品産業文化振興会（会長 歌田味の素相談役）に協力、
『２０１０年食品産業の展望と課題』についてのとりまとめに参画。
Ⅴ.その他
- サブ組織としてフードシステム学全集編集委員会を設置して、『フードシステム学全集』（全８巻）を編集、すでに第１巻、第２巻、第５巻、第６巻が農林統計協会から刊行されている。
- 関連姉妹研究団体「北海道フードシステム研究会」と連携して研究活動を深めている。
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